Les Bégonias sont répartis dans les régions tropicales et subtropicales, sauf en Australie et dans la plupart des îles de l'océan Pacifique.

Les Bégonias se rencontrent principalement en zones forestières, du niveau de la mer jusqu'à 3 000 mètres d'altitude.

Généralement ils préfèrent les milieux humides, ombragés.

Les Bégonias africains, par exemple, poussent surtout dans la forêt tropicale humide ou dans les aires montagneuses à forte pluviosité. On les trouve dans le sous-bois ou sur le bord des cours d'eau, accrochés aux parois des rochers, où l'eau suinte.

Cependant, certaines espèces, comme le Begonia dregei, préfèrent des milieux plus secs et plus ouverts.

En Amérique, les espèces de la section Gireoudia sont abondantes dans les forêts sèches du Mexique et de l'Amérique centrale, où elles colonisent les parois rocheuses et les troncs.

Certaines espèces rhizomateuses, comme les Begonia heracleifolia et B. multinerva, sont adaptées pour pousser dans des forêts décidues : leurs feuilles tombent durant la saison sèche. Le Begonia coccinea, par exemple, espèce originaire du Brésil, supporte des périodes de sécheresse pouvant aller jusqu'à deux mois.