Environ deux semaines après la fécondation, l'ovaire enflé devrait commencer à se transformer en cynorhodon. Les graines sont mûres lorsque le fruit en formation change de couleur et se ramollit. Le cynorhodon une fois ouvert, les graines qu'il contient sont retirées puis nettoyées, en les immergeant dans l'eau et en les rinçant pour enlever les poils accrochés. Généralement, toutes les graines qui flottent sont stériles (vides) et peuvent être jetées. Les graines sont semées peu de temps après cette opération mais il est aussi possible de les stocker dans un endroit frais et humide. Un peu de terre est alors ajouté aux graines (environ trois fois leur propre volume) dans des petits pots ou des sacs de plastique hermétiques. Ces derniers sont étiquetés et placés dans le réfrigérateur (à 4 °C ou encore dans une serre froide, une cave ou une couche froide exempte de gel) pendant deux à cinq mois : c'est l'étape de la stratification.

La stratification est un processus naturel. Dans la nature, les graines tombent au sol à l'automne dans un milieu humide et froid et germent au printemps dès le réchauffement de la température. La stratification artificielle cherche donc à reproduire les conditions naturelles auxquelles se sont adaptées les différentes espèces. Lorsque les racines apparaissent, les jeunes semis sont prêts pour la plantation.