Après un ou plusieurs jours, on retire le sac qui protégeait la fleur du parent femelle. Le pollen sec sera déposé sur les stigmates (partie supérieure du gynécée) à l'aide d'un pinceau propre à chaque parent de pollen et bien nettoyé dans de l'alcool après chaque utilisation. Yvan Louette de Belgique suggère la plume, parce qu'elle est peu chère, qu'elle convient bien à cette opération et que l'on peut la jeter après utilisation. Après la pollinisation, certains hybrideurs couvrent la fleur de nouveau.

Il est important de bien noter les informations relatives au croisement dans un fichier de données ou un cahier, appelé registre.