L’expédition parvient à Montréal le 17 mai 1642. Maisonneuve choisit d’installer, à l’endroit qu’avait repéré Champlain en 1611, un fort et une habitation. Une cinquantaine de personnes, dont quelques femmes, passent le premier hiver à Montréal.

Maisonneuve tente de convaincre des Amérindiens de passage de s’installer à proximité des Français. Mais les Iroquois ont entrepris de s’assurer le contrôle des routes des fourrures. La fondation de Montréal représente pour eux une menace directe. Ils harcèlent les Montréalistes et parviennent à en tuer ou capturer quelques-uns. L’état de guerre force les gens à vivre surtout à l’intérieur du fort et limite le développement de l’agriculture. Ville-Marie est sur la défensive et le rêve d’y attirer des Amérindiens alliés s’évanouit.

Ses habitants arrivent néanmoins à organiser efficacement leur défense et à tirer parti des périodes d’accalmie. En 1645, on profite d’une trêve pour construire l’Hôtel-Dieu. Toutefois, dix ans après sa fondation, Montréal ne compte toujours qu’une cinquantaine de personnes.